南太平洋1000尺的深海海底，美国政府发现了一艘已有300年历史的神秘太空船。当局立刻组成了一队由心理学家诺曼·古德曼（达斯汀·霍夫曼 Dustin Hoffman饰）、生物化学家贝丝·哈波琳（莎朗·斯通 Sharon Stone饰）和数学家哈瑞·亚当斯（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson饰）这三位顶尖科学家组成的科学小组前往当地调查。他们利用高科技的实验艇深入海底进行探测。然而船体内部的一个巨大而怪异的球状体，拥有着洞悉每个人的内心世界的强大魔力，它似乎能控制每个人的思想和行为。更糟的是，一个不明海底生物也向实验艇发起了攻击。
